Gema, si tiene ese inmueble alquilado como vivienda, presumo que no está repercutiendo el _IVA, por lo tanto fiscalmente es un alquiler de vivienda y asì lo debe declarar, si la AEAT tiene otros datos es posible que sea llamada a comprobación, desde luego si lo declara como local de negocio y no ha ingresado el IVA también puede tener problemas. Para ampliar o aclarar esta información puede  hacerlo al teléfono: 
807 520 008 donde recibirá atención  directa e inmediata (1,21eur./min. Desde fijo; 1,57eur./min. Desde móvil)  
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